Erste Staffel: Yuukis früheste Erinnerung stammt von einer stürmischen Winternacht, in der sie von einem Vampir angegriffen und wiederum von einem anderen Vampir, Kaname Kuran, gerettet wurde. Zehn Jahre später ist Yuuki, die Adoptivtochter des Direktors der "Cross Academy", ein Guardian geworden. Sie sorgt dafür, dass niemand von der Day Class (Menschen) vom Geheimnis der Night Class (Vampire) erfährt. An ihrer Seite ist ihr Kindheitsfreund Zero Kiryuu, dessen Eltern von dem reinblütigen Vampir Shizuka Hiou getötet wurden.
Dieses Zusammenleben sieht auf den ersten Blick schön und gut aus, doch haben wirklich alle Vampire auf ihre blutdürstige Seite verzichtet oder steckt mehr dahinter? Was wird aus Kanames Liebe zu Yuki?
Zweite Staffel: Yuuki Cross beginnt zu recherchieren, um ihre vergessene Vergangenheit und um etwas über ihre wahre Familie zu erfahren. Darüberhinaus soll die Geheimnistuerei endlich ein Ende haben. Somit beginnt für Yuuki, Kaname und Zero ein neues Mysterium und eine verbotene Liebe.
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Thema: Vampire Knight 
