Clans (一族, "Ichizoku", bedeutet "Familie") existieren in den Dörfern und Reichen von Naruto. Mit Clans sind die Angehörigen gewisser Familien gemeint, welche seit Alters her Shinobi aus ihren Reihen stellen und meist auf eine lange Tradition zurückblicken können. Diese haben oft geheime Jutsu, sogenannte Hiden, entwickelt, die nur den Clanmitgliedern beigebracht werden, einige Clans besitzen sogar Kekkei Genkai. Darum sind Ninja-Clans für die Ninja-Dörfer oder Reiche eine entscheidende militärische Macht. Die ursprünglichen Traditionen der Shinobi, die erst ein Ende finden, als Hashirama Senju Konoha gründet, sahen eher vor, dass Ninja-Clans von Reich zu Reich ziehen und ihre kämpferischen Dienste gegen Bezahlung dem jeweiligen Daimyō anbieten. Seit es das "Ein-Reich-ein-Dorf-System" gibt und die Shinobi dieser Dörfer an der politischen und wirtschaftlichen Macht der Reiche teilhaben können, gehört ihr rastloses Leben der Vergangenheit an. Nun bilden Clans die Elite der Dörfer, während sich aber immer mehr Ninja etablieren, die keinem Clan angehören.